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罗氏沼虾转录组免疫相关SNP的挖掘与分析

Mining and analysis of immune-related SNPs in transcriptome of Macrobrachium rosenbergii

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【作者】 唐修阳； 王传聪； 项杰； 欧江涛； 王资生；

【Author】 Tang Xiuyang;

【通讯作者】 欧江涛;王资生;

【机构】 盐城工学院海洋与生物工程学院；

【摘要】 为了挖掘罗氏沼虾免疫相关单核苷酸多态性(SNP),采用第二代高通量测序技术,对罗氏沼虾的肝胰腺进行转录组深度测序分析。结果发现SNP位点37 589个,其中转换25 188个,颠换12 401个。再对SNP所在的基因进行GO(gene ontology)分类和KOG注释,分别筛选到2 451个有GO注释和2 458个有KOG注释的SNP,并重点对4个重要免疫通路的145个免疫相关基因,筛选出129个SNP位点。相关研究结果将为进一步系统挖掘免疫相关SNP的分子遗传标记奠定基础,为罗氏沼虾疾病防控和选育抗病新品种提供科学参考。

【关键词】 罗氏沼虾； 转录组； SNP； 高通量测序技术； 免疫； 抗病；
【基金】 国家自然科学基金面上项目(编号:31570176、31872601);国家自然科学基金青年科学基金(编号:31000072)
  • 【文献出处】 江苏农业科学 ,Jiangsu Agricultural Sciences , 编辑部邮箱 ,2019年04期
  • 【分类号】S917.4
  • 【网络出版时间】2019-03-08 15:31
  • 【被引频次】8
  • 【下载频次】296
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